Schubart, Sohn eines (Leinen-)Webers und Tuchhändlers, erlernte in Zeitz den Beruf des Schreibers. 1750 verließ er seine Geburtsstadt. In den folgenden Jahren arbeitete er in verschiedenen Anstellungen als Schreiber und Sekretär, u. a. in Bad Lauchstädt, Leipzig und Wien. 

Seit 1771 betätigte sich Schubart als praktischer Landwirt. Auf den bisherigen Brachflächen seines Gutes Würchwitz bei Zeitz baute er Klee, Luzerne, Esparsetten, Rüben und Kartoffeln an. Wegen der (erst 1886 entdeckten) biotischen Stickstoffbindung der Knöllchenbakterien an den Wurzeln führte der Anbau der Hülsenfrüchtler (Klee, Luzerne, Esparsette) zu höheren Erträgen in der Fruchtfolge, wegen des hohen Eiweißgehalts der Futterpflanzen zur besseren Ernährung und Milchleistung der damit gefütterten Rinder. 

Großes Interesse an dem von Schubart propagierten Kleeanbau zeigten führende Landwirte in den böhmisch-österreichischen Ländern, da Kaiser Joseph II. 1781 die Leibeigenschaft aufgehoben hatte. Auf Empfehlung böhmischer Adliger erhob Joseph II. am 7. Dezember 1784 Johann Christian Schubart unter Beilegung des Prädikats „Edler von dem Kleefelde“ in den Reichsadelsstand. Im folgenden Jahr reiste Schubart nach Wien. Er wurde von Joseph II. in Audienz empfangen und auch zur kaiserlichen Tafel eingeladen.

1793 ließ Graf Franz I. zu Erbach-Erbach einen Kleetaler prägen. Er kannte Schubart persönlich und nahm bei der Einführung des Kleeanbaus ausdrücklich Bezug auf seine Schriften.